El tamaño de la cavidad deciclodextrinalas moléculas pueden coincidir con las moléculas invitadas y los grupos hidroxilo en los bordes de la cavidad pueden formar enlaces de hidrógeno con las moléculas invitadas. La naturaleza hidrofóbica del interior le permite encapsular moléculas lipófilas. En consecuencia, posee la capacidad de reconocer e interactuar selectivamente con moléculas orgánicas. Se ha aplicado con éxito en diversos métodos cromatográficos y electroforéticos para separar varios isómeros y enantiómeros.
Muchas drogas o sus precursores tienen al menos un centro quiral y, a menudo, un enantiómero está activo mientras que el otro está inactivo o incluso es tóxico. El uso de ciclodextrina o polímeros de ciclodextrina mejora la tecnología de separación de enantiómeros, especialmente con ciclodextrina modificada con moléculas quirales. Por ejemplo, Tang Kuowen et al. utilizado-ciclodextrinapolímero como fase estacionaria, polidimetilsiloxano como diluyente y cromatografía de gases para separar isómeros posicionales e isómeros quirales de una serie de compuestos aromáticos. Los resultados experimentales indican que esta ciclodextrina exhibe una fuerte capacidad de reconocimiento quiral, demostrando particularmente capacidades de separación significativas para enantiómeros de alquenos, cetonas, ésteres, etc.
